ישנן מספר הגנות בתוכנה,

לכל עמדה ישנו רישיון ייחודי אשר לא ניתן לזיוף, רישיון זה מאומת בכל הפעלה מול שרת רישיונות בחברתנו.

בעת הפעלת תוכנת שיק-צ’ק ישנו מסך כניסה מוגן עם שם משתמש וסיסמה, כמו כן ניתן לנהל משתמשים עם הרשאות שונות.

בהגדרות התוכנה ניתן להגדיר מפתח הגנה – מפתח זה מאפשר הדפסת צ’קים רק כאשר המפתח מוכנס למחשב.
בהגדרות התוכנה ניתן לאפשר הגנה ייחודית שמבצעת הדפסה שם המוטב וסכום לתשלום ברקע השיק (הדפס מים) – זאת על מנת להגן מזיופי שינוי טקסט על הצ’קים.
ישנם הגנות נוספות בתוכנה ניתן לראות בפירוט המלא של סוגי התוכנה.